Zentrum für Quantitative Biologie

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QBiC TechTalks Reihe 2018

Die QBiC-TechTalk Seminare nehmen technologische Aspekte der Quantitativen Biologie in den Fokus. Sie erhalten Einblicke in innovative Technologien, Methoden und praktischen Anwendungen in der Biowissenschaft. Ausgewiesene Experten, die eine intensive Forschung betreiben und/oder mit dem Schwerpunkt der Dienstleistung der quantitativen Biologie vertraut sind, präsentieren Ihnen die modernsten Felder der Quantitativen Biologie.
 

  • Holger Gantikow, 20.09.2018, 16:00-18:00, D-Bau/Physik, Auf der Morgenstelle, Raum D4A19 (Seminarraum).
    Die Containertechnologie hat sich in den letzten Jahren nicht nur in der "normalen" IT verbreitet, sondern sich auch als wichtige Basiskomponente im Bereich High Performance Computing (HPC) etabliert. Docker ist hier jedoch nicht die allgegenwärtige Lösung, aber es gibt eine Reihe von Alternativen, die sich oft besser in bestehende HPC-Umgebungen integrieren lassen. Die Präsentation stellt vor, welche Probleme von HPC mit Containern gemildert werden können und aktualisiert, welche Technologien auf Containern basieren.
    Der Schwerpunkt der Präsentation liegt dann auf den verschiedenen Containermotoren, die im HPC-Umfeld eingesetzt werden können und dort eine gewisse Verteilung erreicht haben. Neben Docker sind dies Singularity und Shifter - aber auch Charliecloud und Udocker werden kurz vorgestellt.

    Ziel der Präsentation ist es nicht, die Vor- und Nachteile der einzelnen Lösungen im Detail zu diskutieren, sondern einen Überblick über das Gesamtbild zu geben und Zukunftsperspektiven zu erkunden.

    Vorkenntnisse:
    Spezielle Vorkenntnisse des Publikums sind nicht erforderlich. Ein allgemeines Interesse an HPC, Virtualisierung und insbesondere Containern ist jedoch sicherlich von Vorteil, um eine lebhafte Diskussion und einen regen Erfahrungsaustausch zu gewährleisten.
     

  • Phil Ewels, 08.03.2018, 16:00-18:00 Uhr, Hörsaal N1, Auf der Morgenstelle.
    Standardisierung schwedischer Genomanalysen bei SciLifeLab NGI:
    Die SciLifeLab National Genomics Infrastructure ist eine der größten Sequenzieranlagen Europas. Wir sind eine akkreditierte Einrichtung für die Vorbereitung, Sequenzierung, Basisanalyse und Qualitätskontrolle von Bibliotheken für schwedische Forschungsgruppen. Unser Probendurchsatz erfordert eine hoch automatisierte und robuste Bioinformatik-Plattform.

    In diesem Vortrag werde ich beschreiben, wie wir mit Datenfluss, Analyse und Qualitätskontrolle umgehen. Ich werde unsere Arbeit mit Tools wie Nextflow und MultiQC beschreiben, einige unserer Pipeline-Projekte für Krebsanalyse und RNA und einige kommende Projekte wie MegaQC und nf-core.